Outils mathématiques et informatiques pour la génomique
BNF203
Objectifs pédagogiques :
Connaitre les données, les outils algorithmiques et statistiques pour le développement des logiciels de traitements des données génomiques et post-génomiques
Public et conditions d'accès :
UE d'informatique, de statistiques, et BNF104 du diplôme d'ingénieur de bio-informatique
Public de niveau Master
Compétences :
Utilisation des outils mathématiques et informatiques pour le traitement des données génomiques et post-génomiques : nettoyage des données (package dplyr), programmation dynamique, automates, modèles bayésiens, modèles de Markov, utilisation de R.
Méthodes de validation :
Examen final
Contenu de la formation :
Présentation des approches pour l'alignement des séquences biologiques et de leurs applications
Présentation des bases de données génomiques
Présentation des méthodes de traitement des données génotypiques (SNP, CNV, indel,haplotypes, imputation,génotype, séquençage) et de leurs applications
Applications réalisées en TP de bioinfo avec notamment R et Bioconductor.
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants :
- CS8800A : Certificat de spécialisation Bio-informatique avancée
