Bases de microbiologie générale
AGR100
Objectifs pédagogiques :
Faire acquérir les connaissances de base indispensables dans le domaine de la microbiologie, ainsi que les méthodes et les techniques d'études des micro-organismes.
Public et conditions d'accès :
Bac + 2 dans les domaines des sciences du vivant ou de la chimie et être inscrit ou avoir validé les compétences correspondant aux unités UTC101 (mathématiques appliquées) et UTC705 (statistiques) ou UTC704 (mathématiques) et UTC705 (statistiques).
Cette unité d'enseignement, correspondant à un bloc de la licence générale Agro-industrie (LG040B11), est finançable à l'aide de votre CPF.
Cette unité d'enseignement n'est pas cumulable avec BLG104 au sein d'un même cursus.
Compétences :
- Reconnaître et dénombrer des microorganismes à l'état frais
- Expliquer l'influence de l'environnement sur la croissance microbienne
- Interpréter des résultats d'identification et de dénombrement issus d'analyses par culture en mobilisant ses connaissances sur le métabolisme des microorganismes
- Maîtriser les méthodes d'analyses moléculaires et immunologiques
Méthodes de validation :
Devoir maison à mi-semestre; examen écrit de 2 heures permettant d'évaluer les compétences acquises.
Contenu de la formation :
I. La diversité des microorganismes et leurs méthodes d'observation à l'état frais
- Diversité des microorganismes (bactéries, mycètes, protistes, virus) à travers leur morphologie, structuration biochimique, mobilité, …
- Méthodes d'observation à l'état frais (microscope, colorations, dénombrements en milieu liquide)
II. Influence de l'environnement sur la croissance microbienne
- Courbe de croissance
- Influence des paramètres physico-chimiques (température, pH, activité de l'eau, oxygène)
- Croissance de populations microbiennes (synergies, compétitions, biofilms)
- Caractérisation des propriétés anti-microbiennes (CMI)
III. Méthodes d'identification et de dénombrement basées sur le métabolisme des microorganismes
- Métabolismes microbiens (respirations/fermentations, variabilité des voies métaboliques en lien avec les méthodes d'identification des microorganismes
- Techniques de dénombrement et d'identification sur milieu solide et les tests de caractérisation (coagulase, galerie API, …)
IV. Méthodes moléculaires et immunologiques d'identification ou de dénombrement des microorganismes
- Eléments de plasticité et d'évolution génétique microbienne (plasmides, opérons, mutations, parties du génôme conservées ou variables, …)
- Méthodes moléculaires et immunologiques d'identification ou de dénombrement (typages, électrophorèses, PCR (simple, multiplex, quantitative), séquençage, antigène-anticorps, …)
Bibliographie :
- Paolozzi L, Liébart JC, Bauda P: Biologie des procaryotes et de leurs virus. Dunod. 2015
- Prieur D, Geslin C, Payan C: Mini Manuel de Microbiologie. 2ème édition. Dunod. 2015
- Prescott, Harley, Klein, Wiley, Sherwood, Woolverton: Microbiologie. 3ème édition. De Boeck. 2010
- Tortora GJ, Funke BR, Case CL: Introduction à la microbiologie. 2ème édition. Pearson. 2012
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants :
- LG04001A : Licence Sciences, technologies, santé mention Sciences et technologies parcours Agro-industries
- CC11700A : Certificat de compétence Microbiologie
- DIE6601A : Diplôme d'établissement Responsable en ingénierie d'étude et de production option Production parcours Agro-alimentaire
- CYC8000A : Diplôme d'ingénieur Spécialité Agroalimentaire
