Biostatistique
STA109
Objectifs pédagogiques :
Donner les connaissances nécessaires
- à la préparation d'une expérience correcte du point de vue statistique en fonction des objectifs de l'étude
- à la description et à l'analyse statistique des données recueillies
- pour interpréter correctement les résultats obtenus et pour savoir les communiquer.
Public et conditions d'accès :
Cet enseignement concerne les auditeurs travaillant dans le domaine de la santé (hôpitaux - laboratoires de recherche - industrie pharmaceutique...) ou de la sécurité sanitaire (agences - laboratoires d'analyse ...). Il s'adresse aux personnes amenées à concevoir, gérer et/ou analyser des protocoles d'études (clinique, épidémiologiques...) ou d'expérimentation (médecine - biologie...) et plus généralement à toute personne confronté à la variabilité biologique (en particulier en bio-informatique).
Il demande d'avoir des notions générales en mathématiques (niveau 1er ou terminale). Des connaissances supplémentaires en probabilité ou statistique sont appréciées.
Compétences :
A l'issue de l'enseignement l'étudiant devra savoir :
- Aborder méthodiquement un protocole expérimental.
- Maîtriser les outils simples d'exploration des données.
- Maîtriser le choix d'un modèle statistique simple représentant au mieux les données.
- Maîtriser le choix d'un outil d'aide à la décision (test statistique) en adéquation au contexte expérimental.
De ce fait il doit pouvoir acquérir un regard critique lui permettant d'analyser les résultats d'une enquête ou d'une expérience.
Contenu de la formation :
• Notions de base : La variabilité - l'échantillonnage - la représentativité - notions de ré-échantillonnage.
Qu'est-ce qu'une expérience contrôlée - une étude descriptive - exemples : études cas-témoins - cohortes...
Comment aborder un problème de statistique (description, modèle, hypothèses, décision) '
• Statistique descriptive : présentation graphique des données (histogramme), paramètres empiriques (proportion, moyenne, mode, quantiles, variance), fonction de répartition observée, tableau de contingence.
• Rappels rapides sur le calcul de probabilité : combinatoire, événements.
• L'information a priori : probabilité conditionnelle, théorème de Bayes, sensibilité, spécificité, valeurs prédictives positives et négatives, risque relatif, courbes ROC
• Variables aléatoires : définitions, distribution de probabilité, espérance, variance Variable centrée et réduite.
• Lois de probabilités usuelles : loi binomiale, loi de Poisson, loi normale, loi Pearson (Khi 2), loi de Student, loi de Fisher. Conditions et contextes d'applications. Théorème de la limite centrale.
• Estimation : estimation ponctuelle, qualité d'un estimateur, intervalle de confiance de paramètres usuels (espérances, variances, fréquences).
• Principes généraux des tests : risques de 1ère et 2ème espèce; degré de signification (p).
• Tests paramétriques et non paramétriques :
1. tests portant sur la comparaison de proportions ou de distributions.
2. tests portant sur la comparaison de moyennes ou de variances d'un ou de deux échantillons indépendants ou appariés.
3. test portant sur la comparaison de plusieurs moyennes sur des échantillons indépendants.
4. test des signes, test de Wilcoxon, test de Mann-Witney, test de Spearman, test de Kruskal et Wallis.
5. détermination du nombre d'observations (ou de sujets) nécessaires.
• Modèle linéaire : régression simple, test d'indépendance.
Les exercices dirigés seront illustrés par des exemples à l'aide du logiciel R
Bibliographie :
- St@tNet: http://www.agro-montpellier.fr/cnam-lr/statnet/
- BOUYER J.: Méthodes statistiques -Médecine - Biologie (Estem 2000)
- BOUYER J.: Méthodes statistiques Exercices corrigés (Estem 2001)
- VALLERON, A.J.: Biostatistique, Flammarion, 2007
- FALISSARD, B: Comprendre et utiliser les statistiques dans les sciences de la vie (Masson, 2005)
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants :
- CC10100A : Certificat de compétence Pharmacologie
- LP10101A : Licence professionnelle Sciences, technologie, santé mention bio-industries et Biotechnologies parcours Bio-informatique
- DIE6501A : Diplôme d'établissement Responsable en ingénierie d'étude et de production option Recherche et développement parcours Génie biologique
- LG04201A : Licence Sciences, technologies, santé mention mathématiques parcours Sciences des données
- CC6500A : Certificat de compétence Bio-informatique
- CC11700A : Certificat de compétence Microbiologie
Informations, Orientation & Inscription
Prochaines sessions de formation
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| Centre de formation |
Semestre
2024/2025 |
Jours de formation |
Modalité | Crédits | ||
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| Paris | Semestre 1 | 6 crédits (1) | ||||
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Date de début des cours (*) :
* Les dates fournies sont d'ordre général à toutes les formations. |
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Paris
Semestre 1
Cours en ligne
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| Date de début de cours : |
Les dates fournies sont d'ordre général à toutes les formations. Les cours pour cette formation peuvent potentiellement commencer un peu plus tard dans le semestre. |
| Annuel : |
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Il s'étend de fin septembre / début octobre à début juillet (dates indicatives, renseignez-vous auprès de votre centre). |
| Semestre 1 : |
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Il s'étend de fin septembre / début octobre à fin janvier / début février (dates indicatives, renseignez-vous auprès de votre centre). |
| Semestre 2 : |
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Il s'étend de fin février / début mars à début juillet (dates indicatives, renseignez-vous auprès de votre centre). |
| Cours du soir : | |
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Les cours commencent le plus souvent à 18h30 dans les centres. |
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| Cours en journée : | |
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Se renseigner auprès du centre pour connaître les horaires. |
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| Cours en ligne : | |
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les cours sont diffusés sous forme de séances numériques via une plateforme d’e-learning animées et tutorées par un enseignant. Des séances de regroupement en visio sont proposées. |
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| Classe virtuelle (Formation à distance planifiée): | |
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L'enseignant à distance intervient en direct et en visioconférence sur la plateforme d'e-learning. Il complète son intervention par des activités interactives (exercices échanges…) |
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| Cours en ligne hybride : | |
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Cette modalité associe des cours en ligne tutorées et des regroupements en présentiel obligatoires. |
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| Cours hybrides : | |
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Cette modalité mixe des cours en présentiel (en cours du soir ou en journée) et des cours en ligne. |
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| Cours en ligne organisés par un autre centre CNAM Régional : |
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Les cours sont diffusés sous forme de séances numériques via une plateforme d'e-learning animées et tutorées par un enseignant. |
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| Formation co-modale : | |
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Formation proposée en présentiel et à distance en simultané. L'auditeur a la possibilité de choisir de venir sur site pour suivre l'enseignement ou bien de suivre à distance. Les cours se déroulent en semaine généralement après 18h ou le samedi. |
