Algorithmique de la bio-informatique
BNF103
Objectifs pédagogiques
Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.
Public et conditions d'accès
Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.
Compétences
Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés de comprendre le fonctionnement des principaux programmes de la bio-informatique et pour pouvoir les utiliser au mieux.
Méthodes de validation
Examen final
Contenu de la formation
1) Bases algorithmiques
2) Alignements multiples et recherche de motifs
3) Recherche de similarités dans les banques : BLAST et FASTA
4) Assemblage de séquences et présentation de logiciels
5) Automates et expressions régulières
6) Recherche de gènes : méthodes heuristiques
Bibliographie
- AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA): Bioinformatics
- L. Bloch Ed Technip: Initiation à la programmation et aux algorithmes (Scheme)
- T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest et T. Stein Ed Dunod: Introduction à l'algorithmique
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants :
- CC6500A : Certificat de compétence Bio-informatique
- LP10101A : Licence professionnelle Sciences, technologie, santé mention bio-industries et Biotechnologies parcours Bio-informatique
