Algorithmique de la bio-informatique
BNF103
Objectifs pédagogiques :
Initier aux algorithmes utilisés pour les principaux programmes de bio-informatique.
Public et conditions d'accès :
Prérequis : Les auditeurs devront de préférence avoir assisté au cours BNF102 (langage Scheme et Python) ou sinon justifier d'un niveau suffisant en programmation
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2)
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent.
Compétences :
Cette formation doit permettre aux auditeurs non initiés:
- de comprendre le fonctionnement des principaux algorithmes utilisés en bio-informatique.
- d'utiliser ces algorithmes de façon pertinente en fonction des besoins et des contextes.
Méthodes de validation :
Examen final
Contenu de la formation :
- Principes fondamentaux de l'algorithmique et notions d'optimisation et d'accélération algorithmique
- Algorithme de recherche de valeurs ou de texte
- Algorithmes de tris
- Algorithmes d'alignement deux à deux, d'alignement multiple et de recherche de motifs.
- Algorithmes de recherche de similarités dans les banques: BLAST et FASTA
- Recherche de gènes: méthodes heuristiques
Bibliographie :
- AD Baxevanis et al. Wiley Interscience New York (USA): Bioinformatics
- L. Bloch Ed Technip: Initiation à la programmation et aux algorithmes (Scheme)
- T. Cormen, C. Leiserson, R. Rivest et T. Stein Ed Dunod: Introduction à l'algorithmique
- L. Bloch Ed Technip: Initiation à la Programmation et aux algorithmes Python
Cette UE apparaît dans les diplômes et certificats suivants :
- CC6500A : Certificat de compétence Bio-informatique
- LP10101A : Licence professionnelle Sciences, technologie, santé mention bio-industries et Biotechnologies parcours Bio-informatique
